Prof. Dr. Matthes leitet seit 2002 den Lehrstuhl für Software Engineering betrieblicher Informationssysteme an der Technischen Universität München.

Seine aktuellen Forschungsgebiete sind Technologien und Methoden, um die digitale Transformation von Unternehmen und Gesellschaften zu unterstützen: Enterprise Architecture Management, Digitale Service-Plattformen und ihre Ökosysteme, semantische Analyse juristischer Texte sowie ausführbare Verträge auf Blockchains.

Er ist Mitgründer der CoreMedia AG, infoAsset AG und Tr8cy Ltd., Gründungsbotschafter der UnternehmerTUM, Mitglied des Beirats der Ernst Denert-Stiftung für Software Engineering, Mitglied des Münchner Kreises, wissenschaftlicher Berater der Noumena Digital AG, Mitgründer des Blockchain Bayern e.V. und Organisator nationaler und internationaler Fachveranstaltungen.